В центре сюжета аниме «Цветы зла» находится старшеклассник Такао Касуга, который считает, что его жизнь остановилась три года назад. С тех пор он лишь существует, погруженный в свои мысли. В прошлом он учился в другой школе, часто перечитывал «Цветы зла» Бодлера и мечтал о своей однокласснице Нанако — умной и красивой девушке.
Однажды, после уроков, когда в классе никого не было, Такао заметил, что из шкафчика выпала физкультурная форма Нанако. Поддавшись искушению, он не удержался и решил прикоснуться к ней. В результате, он случайно забрал форму с собой. Это странное поведение привлекло внимание его одноклассницы Сава Накамуры, которая стала свидетелем этого инцидента. Вместо того чтобы сообщить учителям о краже, Сава решает шантажировать Такао, заставляя его совершать все более рискованные и безумные поступки.
Этот психологический триллер затрагивает темы юношеской страсти, внутренней борьбы и последствий необдуманных действий, заставляя зрителей задуматься о природе человеческих желаний и страхах. «Цветы зла» — это не просто история о любви и шантаже, но и глубокое исследование душевного состояния подростка, находящегося на распутье.